Lakeuden Etapin toimintaa ohjaa toimintajärjestelmä, joka on ISO 9001:2015 laatustandardin, ISO 14001:2015 ympäristöstandardin sekä ISO 45001:2018 työterveys- ja turvallisuusstandardin mukainen järjestelmä. Nämä yhdessä muodostavat Lakeuden Etapin toimintajärjestelmän. Toimintajärjestelmä sertifioitiin ensimmäisen kerran keväällä 2009 laatu- ja ympäristöjärjestelmän osalta. TTT-järjestelmä sertifiointiauditoitiin heinäkuussa 2018.
Määräaikaisauditointi kaikkien kolmen standardin osalta suoritettiin suunnitellusti huhtikuussa. Tuolloin tarkastelussa havaittiin kolme lievää poikkeamaa ja niiden korjaamiseksi tehtiin muutoksia dokumentaatioon ja toimintamalleihin. Kollegayhtiöiden kanssa perustetussa työryhmässä on järjestetty yhteisiä koulutuksia sekä kehitetty yhteistyössä toimintajärjestelmiä.
Edellisen vuoden johdonkatselmuksen seurantapalaveri pidettiin suunnitellusti helmikuussa, jolloin tarkasteltiin aiemmin sovittujen toimenpiteiden tilanne. Syyskuussa johdon vuosikellon mukaisesti pidetyssä johdonkatselmuksessa arvioitiin muun muassa sidosryhmien tarpeiden ja odotusten täyttymistä, yhtiön tavoitteita ja sitä, miten hyvin strategian mukaan asetettuihin tavoitteisiin on päästy. Katselmuksessa todettiin, että toimintapolitiikka on ajan tasalla sekä varmistettiin että Lakeuden Etapin toiminnot ovat vaatimusten mukaisia.