Lakeuden Etapin toimintaa ohjaa toimintajärjestelmä, joka on ISO 9001:2015 laatustandardin, ISO 14001:2015 ympäristöstandardin sekä ISO 45001:2018 työterveys- ja turvallisuusstandardin mukainen järjestelmä. Nämä yhdessä muodostavat Lakeuden Etapin toimintajärjestelmän. Toimintajärjestelmä sertifioitiin ensimmäisen kerran keväällä 2009 laatu- ja ympäristöjärjestelmän osalta. TTT-järjestelmä sertifiointiauditoitiin heinäkuussa 2018.

Auditointisuunnitelman mukaisesti määräaikaisauditointi toteutettiin huhtikuussa, jossa painopisteenä oli johtaminen, asiakaspalveluprosessi, OmaEtappi.com -verkkopalvelu, HR- ja taloushallinto sekä biokaasulaitos. Tarkastelussa havaittiin kaksi lievää poikkeamaa, joiden seurauksena toimintaa muutettiin ja poikkeamat saatiin suljettua. Jatkuvan kehittämisen periaatteen mukaisesti päätettiin sisäisiä auditointeja kehittää nimeämällä useampia sisäisiä auditoijia, aiemman yhden henkilön sijaan. Lisäksi joitakin vuosia pois käytöstä ollut toimintatapa, kollegayhtiöiden kanssa yhteistyössä tehdyt sisäiset auditoinnit, pyritään ottamaan uudelleen käyttöön.

Loppuvuodesta otettiin käyttöön uusi palautejärjestelmä, joka tulee tehostamaan palautteiden käsittelyä sekä antamaan paremmin tietoa tapahtumien juurisyistä. Uusi palautejärjestelmä toimii myös loppuvuodesta käyttöönotetun sisäisen tiedottamisen järjestelmän kautta, joten sen odotetaan lisäävän tehtyjen palautteiden määrää.

Syyskuussa johdon vuosikellon mukaisesti pidettävän johdon katselmuksen lisäksi pidettiin helmikuussa seurantakokous, jossa tarkasteltiin edellisen vuoden johdon katselmuksessa tehtyjen havaintojen tilanne. Katselmuksissa arvioidaan muun muassa sidosryhmien tarpeiden ja odotusten täyttymistä, yhtiön tavoitteita ja sitä, miten hyvin strategian mukaan asetettuihin tavoitteisiin on päästy. Katselmuksissa tarkasteltiin erityisesti yhteistyökumppaneiden ja urakoitsijoiden sopimusseurantaa. Tämä on merkittävä toiminnan alue, koska yhtiöllä on runsaasti sopimuksia eri tahojen kanssa. Johdonkatselmusten tarkoituksena on varmistaa, että Lakeuden Etapin toiminnot ovat vaatimusten mukaisia.