Lakeuden Etapin toimintaa ohjaa toimintajärjestelmä, joka on ISO 9001:2015 laatustandardin, ISO 14001:2015 ympäristöstandardin sekä ISO 45001:2018 työterveys- ja turvallisuusstandardin mukainen järjestelmä. Nämä yhdessä muodostavat Lakeuden Etapin toimintajärjestelmän. Toimintajärjestelmä sertifioitiin ensimmäisen kerran keväällä 2009 laatu- ja ympäristöjärjestelmän osalta. TTT-järjestelmä sertifiointiauditoitiin heinäkuussa 2018.
Määräaikaisauditointi oli tarkoitus toteuttaa huhtikuussa, mutta koronarajoitusten vuoksi se siirrettiin elokuulle. Auditoinnin painopisteenä oli johtaminen, palveluprosessi, markkinointi ja viestintä, jäteasemien ja jätehuoltokeskuksen toiminta sekä biokaasulaitos. Tarkastelussa löydettiin kehittämiskohteita, joiden seurauksena dokumentointia korjattiin tai toimintatapoja muutettiin.
Toimintajärjestelmä päätettiin siirtää uudelle alustalle ja päätettiin perustaa toimintajärjestelmän ohjausryhmä, johon valittiin edustaja jokaisesta ryhmästä. Yhteistyötä kollegayhtiöiden kanssa on tiivistetty ja toimintoja pyritään kehittämään yhdessä.
Edellisen vuoden johdonkatselmuksen seurantapalaveri pidettiin suunnitellusti maaliskuun alussa, jolloin tarkasteltiin sovittujen toimenpiteiden tilanne. Todettiin esimerkiksi, että Teamsin käyttöönotto oli parantanut sisäistä viestintää.
Syyskuussa pidettiin johdon vuosikellon mukaisesti johdonkatselmus, jossa muun muassa arvioitiin sidosryhmien tarpeiden ja odotusten täyttymistä, yhtiön tavoitteita ja sitä, miten hyvin strategian mukaan asetettuihin tavoitteisiin on päästy. Todettiin, että toimintapolitiikka ja prosessit ovat edelleen ajan tasalla sekä varmistettiin, että Lakeuden Etapin toiminnot ovat vaatimusten mukaisia.