Lakeuden Etapin toimintaa ohjaa toimintajärjestelmä, joka on ISO 9001:2015 laatustandardin, ISO 14001:2015 ympäristöstandardin sekä ISO 45001:2018 työterveys- ja turvallisuusstandardin mukainen järjestelmä. Nämä yhdessä muodostavat Lakeuden Etapin toimintajärjestelmän. Toimintajärjestelmä sertifioitiin ensimmäisen kerran keväällä 2009 laatu- ja ympäristöjärjestelmän osalta. TTT-järjestelmä sertifiointiauditoitiin heinäkuussa 2018.
Uudelleensertifiointiauditointi kaikkien kolmen standardin osalta suoritettiin suunnitellusti huhtikuussa. Tuolloin voimassa olleiden rajoitusten vuoksi auditointi suoritettiin osin etänä. Tarkastelussa havaittiin yhdeksän lievää poikkeamaa, joiden perusteella tehtiin välittömästi korjauksia toimintatapoihin sekä dokumentaatioon ja siten poikkeamat saatiin suljettua. Loppuvuodesta aloitettiin toimintajärjestelmän rakentaminen uudelle alustalle ja työtä ohjaamaan perustettiin toimintajärjestelmän ohjausryhmä. Toimintoja on kehitetty yhdessä kollegayhtiöiden kanssa perustetussa työryhmässä.
Edellisen vuoden johdonkatselmuksen seurantapalaveri pidettiin suunnitellusti helmikuussa, jolloin tarkasteltiin aiemmin sovittujen toimenpiteiden tilanne. Palaverissa todettiin esimerkiksi, että uuden palautejärjestelmän käyttöönoton myötä turvallisuushavaintojen ilmoitusmäärät olivat kasvaneet. Syyskuussa johdon vuosikellon mukaisesti pidetyssä johdonkatselmuksessa arvioitiin muun muassa sidosryhmien tarpeiden ja odotusten täyttymistä, yhtiön tavoitteita ja sitä, miten hyvin strategian mukaan asetettuihin tavoitteisiin on päästy. Katselmuksessa myös todettiin, että toimintapolitiikka ja prosessit ovat edelleen ajan tasalla, ja varmistettiin että Lakeuden Etapin toiminnot ovat vaatimusten mukaisia.